2097年地球环境持续恶化到达零界点，同时出现一种“末日病毒”感染者不是死亡就是变异，人类不得已组成了地球联邦政府动用最后的资源在之后的500年中于地球轨道上建立了众多散碎的殖民卫星飞船，将幸存的健康精英人类分批迁移到太空以远离病毒与污染，建立一个隔离的世界，而其他被迫留在地球上的人类则在疾病和饥荒中挣扎求生，他们逐渐开始退化，因为物资的缺乏和系统性教育的断代，科学技术慢慢失传，他们不得不回归农耕时代，他们逐渐忘记了历史，仅存的一些历史记忆片段也变成了神话……这些先天基因缺陷的地球遗民后来被太空上的精英们称为“凡人”。

与此同时太空中的精英人类没有放弃，他们继续研究抵抗病毒的疫苗，不断的捕获地球上那些退化的人类进行采样和实验,就这样持续了几百年，期间高层内部开始分化，一部分人主张消灭所有地球被感染的遗民，一劳永逸的重返地球，不再流浪太空，他们自发形成了派系自称为“回归派”他们最终演变为了地球叛军，不断活跃在天地之间，以最终消灭地球遗民为目标不断制造人间自相残杀的事端和自然灾难，甚至散播病毒毒杀遗民，妄图彻底灭绝被感染的人类遗民后，重返地球，建立一个全新的世界。

另一部分人主张继续研发治疗病毒，最终与地球遗民共存他们被称为“重生派”，他们也往返天地间不断寻找治疗病毒的方法，他们在地球上的不同地区建立了太空电梯连接地球和空间站以运输重要物资，并在海上、山顶、地下、天空平流层等“凡人”无法触达的区域建立了观察所，用于针对“凡人”的各类研究，以找出对抗肆虐百年的病毒。同时还要不断阻止“回归派”对地球遗民的杀戮和迫害，帮助地球遗民重新学习系统性知识，团结幸存者，建立城镇。

2597年，一次实验室的泄露导致一些地球感染者逃出实验室，病毒也在太空中迅速蔓延，最终爆发了内战……少数的精英幸存者们只能在太空的残骸中搜集有限的资源求生，但他们不得不面对残骸内变异的怪物和各个不同势力之间的资源争夺……

直到有一天一名特殊的士兵在深空苏醒，身着联邦秘密武器的他也许能改变人类未来的命运……